Всяка колона с ключ (основен, чужд) се нуждае от индекс. Същото е и с уникалната колона. Вероятно сте създали два индекса (един при създаване на FK и един при ограничение Unique). Ако случаят е такъв, просто пуснете един от тези индекси.
Поддържането на два еквивалентни индекса е излишно за DB.