- Дръжте кода си на място, отделно от конфигурационните и други променливи файлове (качени изображения, кеш файлове и др.)
- Дръжте модулите също отделно от основния код.
- Уверете се, че кодът ви има разрешения за файлова система, за да се промени (използвайте SuPHP например).
Ако направите това, най-простото би било да изтеглите напълно новата версия (без инкрементални пачове) и да я разархивирате в директория, съседна на тази, съдържаща текущата версия. Тъй като в кодовата директория няма да има променливи файлове, можете просто да премахнете или преименувате стария и да преименувате новия, за да го замените.
Можете да запазите номера на версията в глобална константа в кода.
Що се отнася до MySQL, няма друг начин освен да направите скрипт за надграждане за всяка версия, която променя оформлението на DB. Дори автоматичните решения за промяна на дефиницията на таблицата не могат да знаят как да актуализират съществуващите данни.