Вие не избягвате дублирането и ябълката (или препратка към ябълката) ще бъде поставена два пъти във вашето дърво, в противен случай няма да бъде дърво, а по-скоро графика. Вашият въпрос е еднакво приложим, ако изградите... Swing JTree или HTML дърво;).
Моделът на вложен набор е просто ефикасен начин за прокарване и преминаване на дървовидна структура в релационна DB. Самата тя не е структура от данни. Той е по-популярен сред потребителите на MySQL, тъй като MySQL няма функционалност за обработка на дървовидни структури (например като тази, която предоставя Oracle).
Наздраве!