Можете да четете и пишете файлове с функциите на файловата система , например:
$data = <<<EOF
RewriteEngine on
RewriteRule …
EOF;
file_put_contents('.htaccess', $data);
Но би било по-гъвкаво, ако използвате едно статично правило, което пренасочва заявките към вашия PHP файл, което след това прави останалото.