Изберете Родител и деца с MySQL

Родителите са записи без parent_id .
Децата имат parent_id равно на id на родителския коментар .

  SELECT ...
    FROM comments AS parent
         LEFT JOIN comments AS child 
         ON child.parent_id = parent.id
   WHERE parent.parent_id IS NULL
ORDER BY parent.id, child.id;

Обърнете внимание, че самоприсъединяването трябва да бъде външно присъединяване, за да не пропускате родителски коментари без деца.