Не съм 100% сигурен, че синтаксисът е правилен и нямам шанс да го тествам в момента, но идеята трябва да е ясна.
SELECT DISTINCT n.id
FROM notifications n
JOIN (
(SELECT b.id, 'book' AS type FROM books b WHERE b.is_visible = 1)
UNION
(SELECT i.id, 'interview' AS type FROM interviews i WHERE i.is_visible = 1)
) ids ON n.parent_id = ids.id AND n.parent_type = ids.type
WHERE n.user_id = 1