Уверете се, че казвате на PDO, че стойността е цяло число, а не низ; ако PDO го постави като низ, тогава MySQL ще трябва да напише стойностите за сравнение. В зависимост от това как става това, това може да причини големи забавяния, като накара MySQL да избягва използването на индекс.
Не съм напълно сигурен за поведението тук, но имах този проблем с Postgres преди няколко години...
