След още ровене (четете неистово гугъл), намерих проблема и решението тук
В крайна сметка, когато сайт A приеме заявка, php зарежда своите .env променливи за цялата дължина на http заявката. По време на тази заявка, когато сайт A извика сайт B, тъй като те са на един и същ сървър, изпълняващ същия php, php все още използва .env от сайт A и изобщо не зарежда отделно .env файла на сайт B.
По-доброто обяснение на автора: