mysql like% заявката е бавна с индекс на пълен текст

LIKE не използва индекса на пълен текст. За да използвате индекса на пълен текст, трябва да използвате съвпадение (както казахте):

SELECT * 
FROM myTable 
WHERE MATCH(field) AGAINST ('aaa*' IN BOOLEAN MODE)
ORDER BY field2

Ръководството за MySQL има обширна глава за функции за пълнотекстово търсене .