След като прекарах часове в изпробване на всякакви настройки в конфигурационните файлове и рестартиране на mysql десетки пъти, стигнах до това, което изглежда решава проблема (не можах да го намеря в никоя документация никъде)
MySQLdb.connect(server, username, password, database, local_infile = 1)