Вашият MySQL сървър приема връзки само на *nix сокет (/var/run/mysqld/mysqld.sock, ако използвате Ubuntu) или само за localhost.
Трябва да редактирате вашия my.cnf (в Ubuntu отново се намира в /etc/mysql/my.cnf) и да промените следното:
bind-address = 0.0.0.0
И коментирайте следното
#skip-networking
Накрая рестартирайте MySQL.
Внимавайте с това, ако вашата MySQL машина е достъпна от публичен интернет, ще приема връзки от всички!