Благодаря, че ми даде указания, намерих решение (Корекция: Заобиколно решение), което ме устройва добре. Направих обвивка около оригиналния източник на данни, замених метода getConnection() и го обвързах под ново JNDI име. По този начин имам пълен контрол върху източника на данни, без да губя никаква функционалност от контейнера.