Как мога да съхранявам голямо количество данни от база данни в XML (проблем с паметта)?

Защо не запишете всички данни в един файл и не отворите файла с опцията "добавяне"? Няма нужда да четете всички данни във файла, ако просто ще пишете в него.

Това обаче може да е по-добро решение:

PrintWriter writer = new PrintWriter(new BufferedOutputStream(new FileOutputStream("data.xml")));

while(rs.next()){
    i++;
    writer.print("\n\t<row>");
    writer.print("\n\t\t<ID>" + Util.transformToHTML(rs.getInt("id")) + "</ID>");
    writer.print("\n\t\t<JED_ID>" + Util.transformToHTML(rs.getInt("jed_id")) + "</JED_ID>");
    writer.print("\n\t\t<IME_PJ>" + Util.transformToHTML(rs.getString("ime_pj")) + "</IME_PJ>");
    //...

    writer.print("\n\t</row>");
}

writer.close();

BufferedOutputStream ще буферира данните преди да ги отпечата и можете да посочите размера на буфера в конструктора, ако стойността по подразбиране не отговаря на вашите нужди. Вижте Java API за подробности:http://java.sun.com/javase /6/docs/api/ .