Трябва да напишете цикъл, който изпълнява SQL на части с 1000 записа всеки.
Като алтернатива можете да вмъкнете стойностите в таблица и след това да направите подизбор с IN
клауза, защото с подизбор ограничението от 1000 записа не се прилага. Това ограничение е само когато използвате SQL с твърдо кодиран низ със стойност.
Нещо подобно:
select *
from mytable t
where t.column1 = value
and t.column2 in
(
select my_values
from my_temp_table
)