Реших това чрез ръчно създаване на последователности като част от моя тестов скрипт. Не е идеално, тъй като бих предпочел комбинацията Spring/HSQL да настрои това. Моят код е:
for (String sequence : sequences) {
entityManager.createNativeQuery("DROP SEQUENCE " + sequence + " IF EXISTS").executeUpdate();
entityManager.createNativeQuery("CREATE SEQUENCE " + sequence + " as INTEGER").executeUpdate();
}
където последователностите са списък от низове, които са името на последователността.
Използвах това е методът @BeforeClass за всеки тестов клас. Не е идеално, но решава проблема