Най-накрая намерих отговора с помощта на моя колега. Изглежда, че liquibase не познава такива типове, така че трябва да променим sql заявката ръчно:
<createTable tableName="t_name">
...
<column name="doubleArray" type="DOUBLE_ARRAY"/>
...
</createTable>
<modifySql dbms="postgresql">
<replace replace="DOUBLE_ARRAY" with="double precision[][]"/>
</modifySql>