Разбрах проблема. Можете да използвате db init, migrate, update скриптове само след като db.create_all() е готово.
Подробности можете да намерите тук:
http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/quickstart/
Ако получите следната грешка:
No application found. Either work inside a view function or push an application context.
Вижте следната статия:http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/contexts /
