Дефинирайте ManyToManyField на един от вашите модели (напр. Sample ), указвайки through опция като документирана тук :
class Sample(models.Model):
id = ...
containers = models.ManyToManyField(Container, through='JoinSampleContainer', through_fields=('sample_id', 'container_id'),
related_name='samples')
Забележка:Трябва да наименувате полетата във вашите модели за четливост (и да използвате db_column за да посочите колоната на DB, която се използва). Използвайте id вместо sample_id , много по-разбираемо е да използвате sample.id вместо sample.sample_id . И използвайте sample вместо sample_id , съответно container вместо container_id на проходния модел.