Мамка му, всъщност разбрах това сам. Просто трябваше да премахна съединението в дефиницията на метода:
def self.from_users_followed_by(user)
followed_user_ids = user.followed_user_ids
where("user_id IN (?) OR user_id = ?", followed_user_ids, user)
end
user.followed_user_ids.join(', ')
произвежда това:"1, 2, 3"
докато
user.followed_user_ids
произвежда това:1, 2, 3
което исках.