Разбирам, че това е стара тема, но се натъкнах на нея със същия проблем и не можах да намеря решение никъде другаде.
След известно експериментиране успях да разреша това със следния код:
TABLE_ID = Sequence('table_id_seq', start=1000)
class Table(Base):
__tablename__ = 'table'
id = Column(Integer, TABLE_ID, primary_key=True, server_default=TABLE_ID.next_value())
По този начин се създава последователността и се използва като стойност по подразбиране за колона id
, със същото поведение, сякаш е създадено имплицитно от SQLAlchemy.