След като прочетох документите на SQLAlchemy и малко си играех с екземпляра на db, най-накрая получих решението. Добавете db.get_engine(self.app).dispose()
в tearDown()
така че да изглежда така:
def tearDown(self):
db.session.remove()
db.drop_all()
db.get_engine(self.app).dispose()
self._ctx.pop()