flask-migrate ще създаде таблица с име "alembic_version" във вашата база данни.
така че трябва да пуснете тази таблица и да изтриете папката migrations във вашия проект.
и след това използвайте $ python app.py db init отново...
Мисля, че $ python app.py db migrate ще работи добре.
