Flyway винаги работи в базата данни, използвана в jdbc низа за връзка.
Веднъж свързани, всички скриптове се изпълняват в рамките на транзакция. Тъй като CREATE DATABASE не се поддържа в транзакциите, няма да можете да постигнете това, което искате.
Това, което можете да направите обаче, е вместо това да създадете схема. Flyway дори ще направи това вместо вас, ако го насочите към несъществуващ.