Най-накрая успях да го оправя. Проблемът не е свързан с HikariCP. Проблемът продължава поради някои сложни методи в REST контролери, изпълняващи множество промени в DB чрез JPA хранилища. По някои причини извикванията към тези интерфейси доведоха до нарастващ брой „замразени“ активни връзки, изчерпвайки пула. Или отбелязвайте тези методи като @Transactional
или обгръщането на цялата логика в едно извикване на метода за транзакционно обслужване изглежда решава проблема.