Това вероятно се случва, защото не сте инсталирали повторно инструментите на командния ред след надстройката.
Обикновено XCode трябва да бъде надстроен до най-новата версия (4.4) (Вярвам, че когато актуализирах до 10.8, актуализирах и цял куп други приложения, включително XCode). След актуализацията трябва да инсталирате отново инструментите на командния ред. Това вече може да стане чрез настройка в XCode:
Отидете на "Предпочитания -> Изтегляния" и инсталирайте "Инструменти за командния ред".
Сега не би трябвало да имате повече проблеми при инсталиране на пакети, които трябва да бъдат компилирани.