Можете да използвате updateMany() методи на mongodb за актуализиране на множество документи
Простата заявка е като тази
db.collection.updateMany(filter, update, options)
За повече документи за uppdateMany прочетете тук
Според вашите изисквания кода за актуализация ще бъде така:
User.updateMany({"created": false}, {"$set":{"created": true}});
тук трябва да използвате $set защото просто искате да промените създаденото от true на false. За изх. Ако искате да промените целия документ, тогава не е необходимо да използвате $set
