Можете да използвате синтаксис, различен от този, който опитвате, който постига същия резултат, но не попада в ограничението в SERVER-3544.
Използвайте този синтаксис:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Това ще съвпадне с всеки документ, който има елемент от масив както с 313, така и с 6 или 19.
Работи и с {$in:[]}
както за defindex, така и за _particleEffect, стига да възнамерявате да съпоставите всяка комбинация от двата списъка.
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })