Използвате грешен оператор за актуализиране. Това, от което се нуждаете, е $setкод>
оператор за актуализиране и позиционния $
оператор за актуализиране.
db.collection.update_one(
{'class.className': 'cse131'},
{'$set': {'class.$.time': '3:30'}} # or {'class.$.status': 'pass'}
)