Отговарям на собствения си въпрос!
Изглежда, че се случва нещо шантаво с инсталацията на MongoDB. Ръчно повторно инсталиране от http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ и след това възстановяването на архивираната ми база данни изглежда свърши работа.
Все още бих искал да знам от кодова/техническа гледна точка защо моята среда внезапно реши да започне да връща 12-битовия BSON ObjectID, а не шестнадесетичния ObjectID... но дотогава се надяваме, че простото ръчно повторно инсталиране ще помогне на другите които се натъкват на този странен проблем!
