Открих проблема.
Тъй като дефинирах своята база данни в моя файл lib.js
users = new Meteor.collection("users");
Не е нужно да поставям db пред db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . Също така трябва да намеря документа, като използвам дадения mongo _id , а не идентификатора "username" .
така че подходящият код ще бъде
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});