Не мога да използвам Linq с вложен клас List<> на MongoDb C#

Според вашето изключение проблемната област е в мястото, където правите Where изявления.

Както казах в коментара си. Опитайте да направите:

var v = collection.AsQueryable<Company>().Where(cpy => cpy.Dealers.Any(dlr => dlr.Stores.Count == 1));

В момента правите нещо като:

var dealers = collection.AsQueryable<Company>().Select(cpy => cpy.Dealers);
var dealersWithStores = dealers.Where(dealer => dealer.Stores.Count == 1);

След това проверявате дали има any дилъри с магазини, като се обадите на count и проверите дали това е повече от 0, за да получите вашия bool в къде. Всичко това е същото като извикването на IEnumerable.Any() . Вижте дали това работи? :)