Защо MongoDB не се актуализира, освен ако не извикам .then res.json(...) след findOneAndUpdate?

Причината е:"Заявката се изпълнява, ако е подадено обратно извикване, в противен случай се връща обект на Query." (под раздела за връщане)

.then() всъщност не е обещание, то е прикрито от mongoose, но действа като екзекуция.

Можете да видите как изпълнява заявки тук

.exec() от документация „Изпълнява заявката“ и връща обещание (вярно)