Как се прави съединяване на масив в mongoose (mongodb) с node.js?

най-големият проблем с вашия код е, че предполагате, че кодът работи синхронно - но не е така. работи асинхронно. така че съобщенията все още не са зададени, когато изпълнявате

 console.log(messages);

вместо това направете нещо подобно:

var userIds = [id1, id2, id3];
User.find({"_id": {$in: userIds}}, function (err, users) {
  console.log(users);
});

редактиране Ясно, разбрах. искате да добавите userInfo към различните съобщения. Най-лесният начин да постигнете това е да използвате модула async:https ://github.com/caolan/async

async.map(messages, getUserInfo, function (err, result) {
  if (err) {
    console.log(err);
    return;
  }
  // log all msg with userinfo
  console.log(result);
});

function getUserInfo (msg, callback) {
  User.findById(msg.userId, function (err, user) {
    if (err) {
       callback(err);
       return;
    }
    msg.user = user;
    callback(null, msg);
  });
}