Превключвайте между JPA и Mongo в приложението Spring Boot MVC

Вие сте прав, искате да използвате профили.

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

В application.properties вече можете да зададете spring.profiles.active към jpa или mongo за превключване между бази данни.