Трябва да добавите $group стъпка към конвейера.
_id на групата ще бъде това, по което сумирате (в този случай константа, тъй като искате обща сума). Тъй като искате да запазите списъка с фактури, можете да ги натрупате в поле за масив чрез оператора $push. Сумите за общо и количество ще се обработват с $sum.
{$group : { _id : 1,
Total : { $sum : "$total" },
ItemCount : { $sum : "$qty" },
Invoices : { $push : { id : "$_id", created : "$created" }}
} }