Знам, че тази тема е малко по-стара, но се чудя дали сте избрали структура и дали тя работи добре.
Идеята ми беше, вместо да рискувам да създам твърде големи документи, да ги структурирам подобно на вашия втори подход, но да включа датата в основната колекция. По този начин всеки документ ще бъде активността на потребителя в рамките на един ден. Той ще бъде индексиран по потребител и дата, лесен за актуализиране и заявки и ще поддържа нещата организирани.
Нещо като:
{ uid:100, date:xxxxxxx, event:[{time:xxxxxxx, url:abc.php},
{time:xxxx, url:def.php},
{.........................}]}