Можете да направите две проекции, като първата използвате $ifNull което е подобно на nvl:
db.students.aggregate([
{ $project: { final: 1, midterm: 1, extraMarks: { $ifNull: [ "$extraMarks", 0 ] } } },
{ $project: { examTotal: { $add: [ "$final", "$midterm","$extraMarks" ] } } }
])