Това е така, защото груповата команда всъщност изпълнява map/reduce, а map/reduce е javascript. В javascript числовият тип по подразбиране е двойно, поради това той връща двойни числа.
Така че вероятно можете да обвиете вашите числа с NumberLong(..)
ако искате да видите дълго в груповия резултат:
{
...
initial: { count: new NumberLong(0) },
reduce: "function (o, a) { a.count += new NumberLong(o.count); }"
}
Не съм го тествал, но съм почти сигурен, че трябва да работи.