Най-накрая намерих решението, като замених 'mongo-java-driver-2.11.3.jar' с 'mongo-java-driver-2.13.2.jar' в моята директория Apache-JMeter lib. Може да има проблеми с удостоверяването на Mongo 3.
Също така промених кода, за да работи:
import com.mongodb.*
import com.mongodb.BasicDBObject
MongoCredential coreCredential = MongoCredential.createCredential("${mongodb_user}", "${mongodb_database}", "${mongodb_password}".toCharArray());
MongoClient coreMongoClient = new MongoClient(new ServerAddress("${mongodb_server}", 27017), Arrays.asList(coreCredential));
DB coreDB = coreMongoClient.getDB("${mongodb_database}");
DBCollection coll = coreDB.getCollection("users");
...
сега всичко работи добре.