Когато предавате празни масиви към Mongo, те се интерпретират като празни документи, {}. Кодерът Zend Json ще ги интерпретира като празни масиви []. Разбирам, че не е възможно да се каже кой е правилният. В случай на празни масиви опитайте да публикувате като
Масив[null];вместо масив[];
Това ще работи добре