Можете да го направите с Aggregation Framework. Заявката ще бъде нещо като:
db.customer.aggregate([
{$unwind : "$channels"},
{$match : {"channels.id" : "10000-1"}},
{$project : {_id : 0,
id : "$channels.id",
name : "$channels.name",
enabled : "$channels.enabled"}}
])