Вижте първия въпрос в често задаваните въпроси за mongoose:http://mongoosejs.com/docs/faq.html
// query the document you want to update
// set the individual indexes you want to update
// save the document
doc.array.set(3, 'changed');
doc.save();
РЕДАКТИРАНЕ
Мисля, че това ще работи за актуализиране на всички редове. Ще ми е интересно да знам дали работи.
let rowQueries = [];
theData.rows.forEach(row => {
let query = Model.findOneAndUpdate({
issueId: theData.issueId,
'row._id': row._id
}, {
$set: {
'row.$': row
}
});
rowQueries.push(query.exec());
});
Promise.all(rowQueries).then(updatedDocs => {
// updated
});