Срещам същия проблем и след известно търсене в Google и търсене намерих тази публикацияhttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Опитах тази спомената команда:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
и работи като чар. Би трябвало да работи във вашия случай, успех.