полето mongoose _id не може да бъде изтрито

Преценявам, че това, от което се нуждаете, е toJSON. Това трябва да направи това, което искате:

schema.options.toJSON = {
  transform: function(doc, ret) {
    ret.id = ret._id;
    delete ret._id;
    delete ret.__v;
  }
};