Същият проблем с разрешенията на WiredTiger.turtle. Ubuntu 18.04 Проблемът ми беше, че стартирах услуга mongod със sudo. Това създаде файлове с root:root собственост в директорията на моята база данни. При стартиране на услугата mongod без sudo получих грешката отказано разрешение.
Решението беше да се промени собствеността върху всички файлове в директорията db обратно на mongodb:mongodb
$ sudo chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb/*
