Освен ако не ги замените ръчно, автоматично генерираните _id са UUID, които според документацията , се състои от "4-байтово времево клеймо (секунди от епохата), 3-байтов идентификатор на машина, 2-байтов идентификатор на процес и 3-байтов брояч".
Както можете да видите, уникален машинен идентификатор е част от UUID. Това гарантира, че две машини в шарда никога не създават един и същ UUID независимо (освен ако нямат един и същ идентификатор на машината - вероятността за това е 1:16777215 и когато се случи, може лесно да се провери). Единствената ситуация, при която теоретично бихте могли да имате дублиран UUID, е когато един процес създаде повече от 2^24 (над 16 милиона) UUID за една секунда.
tl;dr: Не е нужно да се притеснявате за дублиращи се UUID - те са, както се казва в документацията, "проектирани да имат сравнително висока вероятност да бъдат уникални, когато бъдат разпределени".