Можете да съхранявате js код като вид съхранена процедура .
Съгласно тази статия можете да съхранявате js като системно извикване:
db.system.js.save({_id: "sum", value: function (x, y) { return x + y; }});
след това го наречете така:
db.eval("return sum(2, 3);");
db.loadServerScripts();
sum(3,2)
допълнителна документация тук