Изглежда не е възможно да се преименува поле в масив от командния ред, както е отговорено в този въпрос:
MongoDB преименува поле на база данни в рамките на масив
Възможно е обаче да промените тези стойности чрез RockMongo, както е предложено от потребителя Liad Livnat.
За моя конкретен пример, докато там премахнах масива и промених структурата на:
{
"field1": "value 1",
"field2": {"subfield1": "value 2", "subfield2": "value 3"},
"field3": "value 4"
}
След това запитването към този обект беше възможно с:
db.myCollection.find( {"field2.subfield2":"value 3"} );