Имах същия проблем с mongo 3.0.0 и 3.1.9 със сравнително малка база данни (12GB).
След като загубих около 4 часа време за това, намерих заобиколно решение с помощта на скрити параметър
mongorestore --batchSize=10
където числото варира в зависимост от естеството на вашите данни. Започнете с 1000.