За всеки друг, който се натъква на този въпрос.. кодът на OP има грешка в дефиницията на схемата.. трябва да бъде:
var conversationSchema = new Schema({
created: { type: Date, default: Date.now },
updated: { type: Date, default: Date.now },
recipients: [{ type: Schema.ObjectId, ref: 'User' }],
messages: [ conversationMessageSchema ]
});
mongoose.model('Conversation', conversationSchema);